人类基因组中的许多内源基因编码逆转录病毒样蛋白,这些蛋白是从古代逆转录元件驯化的。副肿瘤性Ma抗原(PNMA)家族成员编码一个类似gag样的衣壳结构域,但它们组装为衣壳和细胞间交通的能力仍然大多未表征。

  基于RNA的疗法,包括基于mRNA的疫苗,具有广泛应用于各种疾病背景的潜力。为了实现这一潜力,我们需要一套能够有效包装并安全地将治疗性RNA货物运送到特定组织的递送载体。目前,已经开发了几种递送方式,包括非病毒方法,如脂质纳米颗粒(LNPs),已成功用于递送寡核苷酸和mRNA治疗药物,以及病毒载体,如腺相关病毒(AAV)。然而,由于货物尺寸大小限制、免疫原性、难以实现组织特异性靶向和可扩展生产等因素的综合作用,这些方法的广泛适用性受到限制。

  来自人类基因组的自然递送系统可能为新的工程基因转移方式提供基础,可以解决这些限制。最近的研究发现,人类基因组中存在多种内源性gag样基因,它们类似于逆转录病毒结构蛋白,因此可能被设计用于基因转移。其中一些基因,包括Arc和Peg10,已经被驯化,并在正常哺乳动物生理中发挥重要作用。先前的研究也表明,ARC和PEG10 gag样蛋白具有形成衣壳结构的能力,可以包装它们的同源mRNA。为了扩展这种天然能力,PEG10最近被设计成可编程地包装并将外源性货物mRNA递送到人类细胞中,证明了这些内源性逆转录转座子衍生蛋白作为一种新的核酸递送方式的潜力。为了进一步探索内源性gag样蛋白用于治疗性RNA递送的潜力,研究人员试图系统地表征副肿瘤Ma抗原(PNMA)蛋白家族。它在人类中含有超过12种蛋白质,最初是由于一些PNMAs编码副肿瘤神经系统疾病患者的自身抗原而被发现的。尽管一些PNMA家族成员先前已报道在细胞凋亡中起作用,但大多数仍然缺乏特征。然而,一些PNMA,包括小鼠PNMA2,已经被证明可以形成衣壳结构,这表明它们可能适合作为递送载体。

  PNMA 家族可能是通过聚合酶 (POL) 区域的缺失而驯化的 Ty3/mdg4(也称为吉普赛人)逆转录转座子产生的。Eutherians中祖先PNMA的多次重复在包括人类在内的一些哺乳动物物种中产生了一个庞大的PNMA家族。在人类基因组中,PNMA分布在4条染色体上,其中一些聚集在一起——PNMA8a/b/c和CCDC8在19号染色体上共享相同的位点,PNMA3/5/6a/6e/6f在X染色体享相同的位点(图1A)。

  我们使用结构建模比较了 14 种人类 PNMA 蛋白(1、2、3、4、5、6a、6e、6f、7a、7b、8a、8b、8c 和 CCDC8)的结构域结构,以及来自 tammar 小袋鼠 Macropus eugenii (MePNMA) 的有袋动物 PNMA,它是 Ty3/mdg4 的近亲(材料和方法)(图 1B)。除PNMA8a/b/c和CCDC8外,大多数人类PNMA都含有N端和C端衣壳结构域,基于AlphaFold的寡聚体预测表明PNMAs1、2、3、4和5可能形成多聚体。RRM 结构域也是高度保守的,仅在 PNMA7a 和 7b 中不存在。锌指结构域通常参与与核酸的相互作用,仅在一些PNMA中发现。在缺乏锌指的蛋白质中,有些蛋白质还含有富含K-R的结构域,该结构域可以类似地与核酸相互作用。

  在这里,我们探索了人类PNMA蛋白形成衣壳和包装RNA的潜力。我们发现PNMA2作为二十面体衣壳从人类细胞中强烈分泌,并且可以在体外从重组蛋白中自组装。我们使用冷冻电子显微镜 (cryo-EM) 解析 PNMA2 衣壳的结构,并使用结构引导工程修饰 PNMA2 蛋白衣壳以包装 mRNA。我们发现,这些工程化的 PNMA2 衣壳可以在功能上将 mRNA 递送至受体细胞中,从而证明其作为治疗性 mRNA 递送载体的前景。除了PNMA2之外,我们发现其他PNMA家族成员能够形成病毒样衣壳,这表明它们也可能适合递送,并增加了这些蛋白质参与细胞间通讯的可能性。

  基于 mRNA 的疗法具有治疗多种疾病的潜力,但这些治疗方法受到现有 mRNA 递送方法的限制。在这项工作中,我们开发了一种基于人类蛋白质PNMA2的mRNA递送方式。我们发现PNMA2在细胞中自然形成衣壳。为了设计 PNMA2 进行递送,我们建立了一种生产 PNMA2 变体 (ePNMA2) 的方法,该变体可以在体外封装 mRNA 并将货物递送至受体细胞,这突出了可以在体外组装和装载的全蛋白递送载体的潜力。


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